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當前位置:水產資料 → 論文解讀--孔雀石綠處 今天是:2019年11月15日 星期五

12选5胆拖复式对照表:論文解讀--孔雀石綠處理后斑馬魚魚卵的轉錄組分析

出處:公眾號水生動物健康評估 作者:吳凡 水產養殖網 2019-11-06 11:35:00

今天和大家分享一篇文章:孔雀石綠處理后斑馬魚魚卵的轉錄組分析,文章引用信息如下(DOI:10.1016/j.aquaculture.2019.734500):
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孔雀石綠是一種三苯甲烷染料,在水產養殖中,孔雀石綠曾經被廣泛用于淡水魚養殖業,以預防和治療體外寄生蟲和真菌感染。前期研究報道了孔雀石綠的毒性效應,但很少有研究探討孔雀石綠的毒性機理。本文以斑馬魚為研究對象,從轉錄組水平分析了孔雀石綠對斑馬魚魚卵的影響,借此探討孔雀石綠對水生生物的毒性機理。結果如下:

illumina測序與質量評價

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孔雀石綠處理組和空白對照組構建了六個cDNA文庫,總共獲得了257,730,582bp數據,選取Q30百分比高于91.17%的一組用于后續分析。

與參考基因組的比較分析

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對照組和孔雀石綠處理組之間的數據比對結果顯示:可比對到基因組和未比對到基因組的reads具有顯著差異(p <0.05),這表明孔雀石綠可能已經誘導了卵的遺傳毒性。

DEG分析

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與對照組相比,經孔雀石綠處理組結果顯示:共發現2436個DEGs,其中1376個DEGs顯著上調,1060個DEGs顯著下調。DEGs被注釋到322條已知的kegg通路。然而,只有氨基酰tRNA生物合成通路顯著富集。
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變異分析

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變異分析顯示兩組間的indel數(核苷酸的插入和刪除)無顯著性差異(p>0.05)。實驗組與對照組的單核苷酸多態性數(snps)和總變異數(snp+indel)有顯著差異(p<0.05)。表明孔雀石綠導致基因變異。

利用qRT-PCR進行DEG驗證

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qRT-PCR分析基因的表達水平與RNA-Seq的結果一致。表明RNA-Seq結果總體上是可靠的;然而,還需要進一步的研究來明確其毒性機理。

總結:
本研究從轉錄組水平探討了孔雀石綠對斑馬魚魚卵的影響。在與參考基因組的比較分析說明孔雀石綠對魚卵具有遺傳毒性作用。通過DEG分析確定孔雀石綠影響了斑馬魚魚卵基因的表達。變異分析結果表明孔雀石綠通過snp變異導致基因變異。

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